根据一些已经部署实施了云服务或正在考虑部署云服务的企业IT管理人员表示，尽管这些未曾预料到的成本不一定会妨碍公司获得云计算倡议的真正商业价值，但也的确会影响到云服务整体的成本效益分析。
移动和数据存储
企业每年将需要花费数万美元将大量的数据迁移到公共云服务，并长时间将数据存储在公共云服务。可能许多公司并没有意识到这一过程中所涉及的巨额费用。
“一次数据迁移就要耗资数千美元”。WhitePages公司IT和运营高级主管Hernan Alvarez表示，WhitePages公司总部位于西雅图，该公司为超过2亿的个人用户以及1500万家企业用户提供在线联系信息。
“大部分意想不到的成本来自于迁移数据的网络带宽云供应商可能会收取上传和下载的费用以及其他相关费用，包括内部人力资本。人们可能认为采用了云计算就没有了劳动力成本，但是当你需要处理大批量的工作量的时候，管理大量的云就会相当复杂，就像管理众多的大型服务器。”Alvarez说。另一项大的成本开支是长期将数据存储在云中。“想象一下您企业数据的增长率吧，而且在未来三年数据的生命周期成本可能更高。”Alvarez说。“只要您将数据存储在云计算中，您每个月就得不断的为其支付费用。”
“如果你不完全理解的云模型，使用云计算会有诸多您意想不到的成本。”他说。“但如果你仔细研究一下CPU、容量和存储需求和相关图表，随着时间的推移，你就可以对处理成本有一个很好的理解，而且如果你理解透了，就会使得您企业内部更具成本效益。”
White Pages公司探索利用云服务进行数据备份，但在广泛评估了八家供应商之后，该公司认为其太昂贵，其成本是在企业内部进行数据备份的三到四倍，Alvarez说。所以该公司决定将数据长期存储在企业内部的私有云。
不过，在一般情况下，企业采用使用公共云服务的目的是为了免去在企业内部部署和维护相关应用程序。该公司使用公共云服务已经超过两年左右的时间了，现在使用着包括Salesforce.com、Success Factors、ADP、WebEx以及Yammer等云服务提供商的11款不同的基于云的应用服务。这帮助他们大大节省了意外成本，Alvarez说。
整合多家供应商的应用程序
太平洋(601099,股吧)沿岸的建筑产品公司，位于加利福尼亚州的兰乔科尔多瓦，该公司是一家建筑产品提供商，想要部署采用云计算，并评估了几家云服务供应商。但公司至今仍然限制其使用云服务，公司首席信息官MikeO"Dell表示。
原因之一是难以整合来自不同云服务供应商的应用程序软件，而事实上，如果自行整合的话，则会抬高该公司采用云计算成本。
例如，该公司采用微软的Exchange电子邮件系统和思科的统一通信系统用于语音邮件，并且想把两家供应商的应用程序都采用到云服务。“至少我们上一次试图自行整合这两款应用程序到云服务的努力失败了。”O"Dell说。
不能整合，用户就不能够利用他们现在所采用的一些功能，如当他们通过电子邮件收到信息时自动删除手机上的语音邮件信息。
同样的整合挑战在其他应用程序也存在，而且更为复杂，如ERP系统，O"Dell说。
“对于SAP端来说，如果我们要采用云服务就意味着我们要放弃SAP的功能，或者花更多的钱来整合。”O"Dell说。“也许这只是一项未成熟的技术，但整合方面却有着其隐性成本。如果你没有清楚的认识到这一点，最后的经济效益将不会让您感到高兴的。”