可以说，丁香园能幸存下来，一定程度上是创始人的理想主义和务实精神所致。包括李天天之内的三位创始人都是医学背景出身，早年混迹论坛，然后出来一起创业。就是把这个网站做了10年之后，李天天递给记者的名片上都没有任何头衔。当记者问他，那怎么向合作伙伴介绍自己时。他回答，“我就说网站是我做的，我想把这个项目做好，所以就来了。”
但是任何网站要想证明自己的伟大和成功，必定要经过商业模式和盈利能力的考验，这不是光靠理想和学术所能达到的。所以，对于商业化运作不足5年的丁香园来说，未来并非坦途。
站长十年
丁香园的商业化运作始于2006年，彼时，创始人李天天手拎皮箱一只，南下杭州寻找丁香园可能的落户之地。虽然距离网站初创已经过去6年，但丁香园的账面资金盈余仍是个0。哪怕只是想把丁香园继续做下去，也不得不考虑怎么赚钱的问题了。
2000年，丁香园起步于为医药专业人士提供文献检索服务;两年之后，转型做专业论坛;在做论坛的过程中发现医药人员除学术交流之外的科研合作需求，丁香园基于后台数据分析，为注册会员推荐可能需要的潜在合作伙伴。直到现在，这也是丁香园目前专注的产品之一。
在此期间，网站一直靠李天天等创始人的自有资金滚动发展，也有天使投资人投了一点钱，维护网站的各论坛版主则是撒豆成兵的全国志愿者。李天天算了笔账，加上服务器托管等费用，2006年之前的投入也就15万块左右。
这对各论坛版主意味着“我的地盘我说了算”，没有盈利压力和商业束缚，他们专注于学术研究交流，是论坛的意见领袖，一呼百应。所以当丁香园站在商业化转型的洞门之前时，他们拒绝跨出这一步——他们担心商家的引入会影响学术的中立性，“然后网站就变味了”。
那段时间，李天天跑遍全国会见各路豪杰，苦口婆心地劝说讲解丁香园商业化的重要性，不做就等于在等死。最后，版主们表示理解并支持，李天天则投桃报李，保证丁香园将继续保持学术的纯洁性。此后，丁香园开始走学术和商业相互独立的两条线管理模式：论坛由七人管理委员会组成的最高管理机构全权负责，所有丁香园公司的员工都不得进入管委会。如果公司要借助丁香园论坛的人气进行商业广告或项目运作，事先必须在管委会备案，版主同意则项目放行，以此来避免伤害学术独立性的事件发生。早期的丁香园由用户生成内容，后期又依靠用户建立了一套供长期发展的制度。
尽管进行商业化的工作已经一切就绪，但李天天们还是不知道该怎么挣钱。通过论坛后台的用户搜索关键词开发人才招聘和生物试剂耗材的电子商务交易平台则是后话了，逐渐地他们才开始把知识竞赛、会议直播、专家调研等隐性广告的运作方式纳入到盈利模式里面。
但是等他们回过神来时，也发现包括丁香园在内的医药行业网站经过数年积累，已经形成“栏目严重雷同，创新严重不足”的局面。李天天分析认为，“未来网站的创新应该会集中在技术应用方面，国内做内容创新很难，一些科研成果的突破基本上都是在国外。”李天天所说的技术应用是指对论坛的文献管理和用户交流这两块。
他也看到了移动互联网的应用是大势所趋，尤其是三到五年之后，技术与内容对接不存在问题。但关键是，做什么内容，给谁看。他们还没有想清楚。目前国外在这方面的应用也只是集中在患者进行的自我管理，信息通过移动设备达到医生，如果有问题，医生给予反馈。但李天天认为，医患应该是双向而非单向传递。针对大众，移动终端要解决互动对接问题，面向专业人士则考验内容创新。李天天认为那些在Ipad和Iphone很酷很炫的应用，对专业人士的帮助还是非常有限的。
路在何方
2008年，丁香园盈利首次突破100万元。2009年全年盈利300多万，今年预期600万。以每个月至少登录一次的标准计算，网站的用户数量也于近期有望达到200万。而且在今年年初，丁香园已经完成A轮美元基金的融资。这些令人感官兴奋的信息背后，却是对丁香园这种医药专业类网站未来发展空间的理性拷问。
传统互联网发展模式，普遍基于用户数量的积累和使用粘性来寻求商业模式的创新与突破，但作为行业网站，用户基数是可预期的。拿李天天的话说，十几年来，业内知道丁香园的人已经都泡在上面了。
同时，如果让丁香园的200万医药从业人员都按照传统理解的职业，基于互联网环境给患者看病，又存在着信息缺失和不对称等问题，“这里面的信息缺失是极其可怕的，甚至会对医生产生误导，所以目前来说，网上的医患互动都不太可靠”，李天天说，“就是之前说的移动终端的互动都只能停留在健康指导层面。”
那么在李天天的眼里，丁香园的出路在哪?
“既然是做专业群体网站，我们把人气放在一个比较次要的位置，而把活跃度放在比较重要的位置。”李天天说，丁香园在注册环节会考虑设置一些门槛，以保证里面都是业内人士或与专业相关的人群。在这种封闭式的专业氛围下，通过一些奖惩机制，在用户活跃度上面做文章。比如，跟普通论坛趋同，根据发帖数量、设置命题和解答问题的质量给予积分回赠。
考虑到长期盈利模式问题，李天天则表示，丁香园会逐步由内容驱动转到由数据驱动。具体来说就是，通过对用户行为的分析以及注册信息在后台生成数据，在此基础上寻求商机。比如，如果有商业行为的市场调查需求，只需要把问卷推到丁香园用户的信箱或手机，很快就能出调查结果。再者，在用户个人页面定向投放一些跟他个人行为比较匹配的广告。“互联网广告模式没有变，但是因为目标人群针对性强，所获取的资料更真实更完整，对客户来说，能做成一个更有效的投放效果评估，也更有说服力。”除此之外，就是文章开头提到的科研合作产品，完全基于后台数据分析，对合作伙伴进行匹配推荐。目前丁香园的业务也主要集中在这块。
然而200万的活跃用户对丁香园来说，不止于此。守着中国200万的医药专业人才，李天天还是有想法的，那就是怎样从用户与患者对接关系中找到创新的商业模式。
他设想，丁香园提供的科研合作服务，使得在站内已经生成很多Group。如果能让一个Group对患者进行诊治，就如同医院的会诊。这对互联网医患互动来讲，是很大的创新。
而丁香园之所以迟迟没有进入到这块业务，除了上述提到的互联网导致医患互动信息缺失的原因之外，李天天认为当下的一些医患互动网站功利性太强，三言两语的沟通之后，就建议患者到线下的合作医院进行诊治，随之附带的就是产品兜售，“这对患者来说是种伤害”。
但是，丁香园对站内的医生开放了求医问药服务，“这绝对是尝试。”李天天说，“医学的分科越来越精细，所以医生也有这方面的需求。如果这个服务能让医生认可，向患者推广会更容易一些。”但他也表示，小圈子的实验很成功，一旦作为产品推出去，肯定会有各种各样的问题。比如，小圈子实验的前提是用户的注册身份是通过验证的，而且彼此熟悉，敢于直言病情。可假如面对一位陌生患者，站内的医生会疑虑传达信息的准确度所引起的麻烦。而且法律认证、用户参与方式、收费模式，收入的分配机制等问题，目前都还没有解决方案。
李天天说，“可能相当长一段时间内不会去解决，这对我们来讲太重要了，很可能是终极问题，解决终极问题就需要有耐心去等。我们目前还是停留在科研合作，从这一步到医患互动，可能还有很长一段距离。”