一些已经实施了云服务或正在考虑实施云服务的IT主管们提醒，向云计算迁移意味着成本的增加，而其中一些成本可能是意想不到的。虽然这些成本未必会降低企业从云计算中获得的实际商业价值，但它们会给云服务的总体成本效益分析带来影响。
迁移和存储数据
把大量数据迁移到公共云上并长期存储它们，每年需要花费数万美元，而目前许多企业可能还没有意识到这些费用。
总部设在美国西雅图的WhitePage公司为超过两亿人和1500万家公司提供在线联系人信息，该公司IT和运营高级主管Hernan Alvarez认为，一次性数据迁移要花费数千美元。他分析说，网络带宽方面的花费占了数据迁移成本的大部分，而云服务提供商可能还会收取上传和下载费用，另外，即使数据和系统在异地托管也存在内部人力成本。Hernan Alvarez说：“大家普遍觉得云服务方面没有人力成本，但实际上，当你通过向上扩展(Scale-up)来处理工作负载时，管理大量的云实例很复杂，就像管理大量的服务器一样。”
云服务中另一笔较大的成本支出是数据在云端长期存储带来的花销。他说：“要是考虑到接下来3年的数据增长速度，我们就会发现数据的生命周期成本会很高。数据存储在云端，我们仍要每个月支付相应的费用。”
如果我们没有完全理解云模式，那么，就根本想不到有这些成本。全面考虑处理器、容量和存储方面的要求，并用图表表示出来，就能很清楚地了解存在哪些成本，而这些项目由IT部门自己来搞是不是更具有成本效益。
WhitePages公司曾考虑使用云服务来备份数据，但是当他们认真评估了8家提供商后，认为费用过高，将比内部保存数据所需的费用高出三四倍。于是，他们选择了用内部私有云来满足长期存储数据的需求。
不过，一般来说，使用公共云计算满足存储之外的用途能让企业用不着内部部署和维护应用程序。近两年来，WhitePages公司一直在使用公共云服务，目前，他们使用了Salesforce.com、SuccessFactors、ADP、WebEx、Yammer及其他提供商提供的11款基于云的应用程序。Hernan Alvarez表示，他们因此而节省下来的费用远远超过任何意想不到的成本。
集成多家提供商的应用程序
“云计算在集成方面存在着隐性成本。如果一开始没有认识到这点，最后对云计算的经济效益可能就会不大满意。”
总部位于美国加州Rancho Cordova的太平洋海岸建筑产品公司打算开始大规模使用云计算，为此，他们评估了几家提供商的服务。公司CIO Mike O'Dell表示，由于不完全具有经济意义，到目前为止，这家为建筑行业提供产品和服务的公司限制了云服务的应用范围。
这其中有两个原因，一是在云端把不同开发商的软件集成起来有难度;二是如果太平洋海岸公司试图自己来进行集成的话，就会增加成本。比如说，该公司使用微软的Exchange电子邮件系统和思科的Unity Unified Messaging语音邮件系统，并有意把这两款应用软件作为云服务来使用。Mike O'Dell说：“至少上一次我们分析时还做不到在云端集成Exchange和Unity。”但如果不集成，用户就无法获得其中的一些功能，比如通过电子邮件收到信息后，自动删除手机上的语音邮件信息。Mike O'Dell表示，像ERP这些更庞大、更复杂的应用软件同样存在集成等难题。
Mike O'Dell说：“比如，我们把SAP的软件放在云端意味着只好放弃一些功能，或者将大笔资金投入在集成上。云计算在集成方面存在着隐性成本。如果一开始没有认识到这点，最后对云计算的经济效益可能就会不大满意。”