说实话，我之前并未关注过这个问题，因此也不知如何回答，很惭愧！后来我从网上搜索了一些答案和查看了AUTOCAD的帮助，大致知道了是怎么回事，将我总结的东西简单给大家介绍一下，希望对大家有帮助。
所谓未协调图层，是指上次打印或者保存之类命令后新增的图层，大部分情况下增加新的外部参照时会把所有外部参照中的图层标记为未协调图层。AUTOCAD只所以要进行这样的提示，就想让你去检查新插入的外部参照中是否需要所有图层，是否需要关闭或冻结不需要的图层。
上面的对话框只是一个提示而已，让你检查一下新增的图层，对软件使用影响不大，要想不弹出类似的提示框，有两种解决方法：
一、 检查不协调图层，将需要的图层设置成协调图层。
打开图层管理器，图层管理器中有一个未协调图层过滤器，单击此过滤器，右侧就会显示所有未协调图层，如下图所示。
看看右侧的图层列表，看看这些图层是否需要进行关闭、冻结等处理，处理好后，全选所有图层，单击鼠标右键，然后在右键菜单中选择“协调图层”，图层就会从这个过滤器中消失，就不会再提示有未协调图层了。
二、 关闭对未协调图层的检查和提示，不理会是否有未协调图层。
在AUTOCAD中是否检查未协调图层或何时弹出未协调图层的提示是由变量控制的，下面简单介绍一下相关的变量。
1、 LAYEREVAL
设置新建图层或插入外部参照后是否检查图层。此变量由3个值。
0 不检查
1 检查图中添加的新外部参照的图层
2 检查图中新建或新外部参照的图层
如果不想让CAD检查新图层，可以在命令行输入LAYERVAL，回车，输入0，回车即可。如果英文不错的话，这个变量也不难记，就是LAYER+EVALUATE图层评估的简写。
2、LAYERNOTIFY
这个变量用于设置在检测到未协调图层后何时提示。此变量值有一系列二进制的值组成，这些值还可以进行累加。
0
2
4
8
16 保存时提示
32 插入块时提示
这些值可以累加，例如可以设置为6，表示打印和开图时都提示。当然也可以设置为0，一直都不提示。
我的AUTOCAD的设置就为0，所以一直都没有提示过，一次也没有研究过原因。
3、LAYEREVALCTL
这个变量是用来控制检测或提示的总开关，如果将这个变量设置为0，无论LAYERVAL和LAYERNOTIFY的设置是什么，都会被强制关闭。只有此变量设置为1时那两个变量才会起作用。
从网上看有不少人提这样的问题，我也不知道这个新图层检测对大家有没有作用，如果你觉得没用，用变量将他关掉就好了，免得每次还要去图层管理去设置协调图层。