目前，RFID所涉及的主要技术方向，虽然都在快速度的发展，但仍然存在方方面面的瓶颈，从目前看来主要存在以下问题。
对于RFID的技术标准，国际上目前难以做到统一，使得产品开发和应用定位比较混乱，主流技术标准在推广方面都试图不断强化自身影响力，尤其看中中国未来的RFID技术推广，一度曾出现ISO/IEC、EPC Global、UID、AIM-global、IP-X五大组织负责或领导人几乎同时出现在北京和中国RFID领域相关负责机构接洽的情况，试图通过中国的加盟而强化自身在RFID技术领域的国际领导地位。对于中国而言，也在积极谋求自身的技术标准独立，以保护自身的技术、经济和安全利益。因此，RFID技术标准的统一存在一个推广瓶颈的问题。
对于电子标签而言，高存储容量意味着多功能，低功耗意味着标签小型化，直接制约着电子标签的成本。另一方面，统一而广泛应用，意味着电子标签数量的巨大化，当应用系统电子标签数量足够大时，单个电子标签的成本就可以快速降低。按一般价格测算，大约单个电子标签价格在5美分左右时，全球RFID电子标签市场就会出现井喷，并且大量快速应用到各个领域中。就目前而言，电子标签的价格还比较高，功能简单的电子标签仍在数十美分的价格区间，技术标准制约着系统内电子标签的数量，难以做到广泛兼容，统一困难使价格难以下降，半导体电路性能方面也存在影响，不同厂家的芯片使用不同的标准，也影响价格。
对于空间中的数据干扰问题，可以通过技术手段加以克服，但是往往以牺牲性能为代价，现实中的情况和数据模型的建立之间任然存在差异，甚至于某些场合难以完成识别，系统容量超过一定数值，信号干扰就呈现数量级增长导致系统几近崩溃，高速度狭小空间范围内的大容量识别难以实现。
对于电子标签的数据碰撞问题，现有的算法总存在一些不足，目前许多机构积极研究高效算法来处理电子标签的数据碰撞问题，此类问题也成为当前RFID技术一项重要的研究热点，防冲突的确定性算法和非确定性算法都有待进一步突破。
对于RFID系统的数据安全问题，在具体实现中是以物理方法和密码方法两种方式来解决的。加密技术对于电子标签的成本和功耗都存在要求，越安全的数据加密算法，意味着需要占据更大的电子标签存储空间，如何在成本和安全性能中求得最佳平衡点，也是需要不断突破的问题。