铁水“联姻”
铁水联运的优势十分明显，而多头管理制约着铁水联运发展，如何扫除这一障碍，成为摆在交通运输部、原铁道部面前的一道难题。
2011年5月，交通运输部、原铁道部在北京签署《关于共同推进铁水联运发展合作协议》。这被业内专家通俗地解释为“试婚”。当年9月，两部门联合下发《关于加快铁水联运发展的指导意见》。
两部门领导也多次就综合交通运输体系建设、现代物流发展等内容进行调研，不断提出铁水联运发展的意见，并制定了推进工作的时间表和目标。
当年10月12日，两部门启动首批6个集装箱铁水联运合作示范项目，包括：大连至东北地区;天津至华北、西北地区;连云港至阿拉山口沿线地区等地区。
铁水联运合作示范项目启动后，试点港口不断完善铁水联运的基础设施建设。在连云港国际航运服务中心一层大厅，“通关”环节都可一站式解决。连云港港口调度员与铁路调度员联合办公，凡是进入上海铁路局管内的车辆信息，连云港港口调度都可实时获得，使进口铁矿石、煤炭等货物的平均在港停留时间由60天下降到了20天，而铁路货车的停车等候时间也缩短了1小时，实现双赢。2011年，连云港集装箱铁水联运完成30.4万标箱，其中新亚欧大陆桥过境箱10.6万标箱，同比增长34%、32%。
2012年，面对国内经济增长放缓，国际贸易量大幅下滑的不利局面，交通和铁路部门精心组织，1-11月全国集装箱铁水联运量达到183万TEU，同比增长4%，其中通过6条集装箱铁水联运示范通道发送集装箱达120.6万TEU，特别是深圳至华南、西南地区示范通道的运量增长19.1%，有力助推了中西部地区外向型经济的快速发展。这是在市场需求低迷，全国铁路运量降幅0.9%的基础上取得的，铁水联运成效显著。
作为原铁道部旗下具有集装箱铁路运输承运权的大型国企，中铁集装箱运输有限责任公司按铁道部规划的集装箱铁水联运班列线路，优先保障铁水联运业务的箱车运力，并推进集装箱多式联运综合业务系统建设。目前，大连、青岛等临港集装箱中心站已安装了电子标签地面识别系统和门吊半自动作业系统等。
“大交通”机遇
交通运输部、原铁道部竭力想解决体制上的障碍，促进铁水联运的发展，尽管取得不错的成绩，但仍存在重重困难。
全国人大代表、宁波港集团党委副书记、总裁李令红曾透露说，航运集装箱是国际标准，很多铁路设施与之不匹配，铁路运力保障不上，同时，装卸操作效率低，这些都导致了铁水联运发展不快。
因一家独大、政企不分的管理体制，铁路日益成为制约铁水联运发展的重要瓶颈。所以，为推动铁路建设和运营健康可持续发展，充分发挥各种交通运输方式的整体优势和组合效率，实施大部制改革势在必行。
2013年，铁道部顺利并入交通运输部，交通运输大部制改革实现突破。此次大部制改革意义重大，不仅有利于铁路自身的健康发展，更有利于加快建设综合交通运输体系，推动我国多式联运的进一步发展。