由于安防行业同其他行业的差别，RFID在安防应用存在的问题和制约因素也同其他行业不经相同，安防行业本身目的是为了安全防范，因此RFID应用的安全隐患在安防行业应用过程中是排在第一位的，其次是产品检测、标准问题，最后才涉及到产品价格问题。
一、安全隐患困扰RFID应用
业界对RFID技术安全性问题也产生了不少争论。由于RFID便捷的读取性，使得其芯片上储存的个人信息很容易被他人获取。甚至在很多非自愿给予的情况下，自己的隐私信息也会在不经意间被读取，甚至造成被追踪。对于门禁类产品以及金融类产品，后果更加严重。破解芯片后，黑客可以提取原卡信息，从而复制出一张和原卡拥有同样认证信息的新卡。利用这张克隆卡，黑客就可以自由进出受限区域，或者进行刷卡消费。利用RFID技术打造的手机支付功能正在全球走红，消费者接受并喜爱这种便携的消费形态，市场前景也非常可观。然而安全隐患一天不解除，真正的手机支付时代就不能到来。
隐私安全问题对于RFID技术而言，可谓避无可避，所以业界都采取了积极的态度对待。尽管目前还没有完全有效的方法来杜绝"破解"和"克隆"等非法行为，但是政府和厂商都在积极寻求解决方法。新法律法规的制定，新加密技术的研究和采用，都使得事件向好的方向发展，为RFID技术的快速发展，培育着更为健康的环境。
二、产品测试与认定等标准问题
产品的测试与认定是RFID产业链三方均需要的，通过测试认定可以建立起有关产品的规格与品质的基本规范，从而降低人们认识产品的复杂性，同时也建立起一种信誉体系。目前急待解决的问题是产品的测试标准和权威的认证机构。
此外参与RFID技术及标准的制订机构众多，各国开放的频段不同，这些将导致RFID读写器与标签的互通性降低，并影响精确度，从而难以统一适用。在我国RFID射频识别技术起步较晚，相应标准同国际上其他标准相比出现的也较晚，但是随着近两年国家对物联网技术的逐步重视，我国相关RFID国家标准也陆续颁布，但还不具备更广泛的推广应用。
在一些特殊环境中，RFID传导的无线电波信号会产生干扰与衰减，进而影响数据读取的可靠性与准确度，这也降低了RFID的适用范围。科技企业中掌握RFID技术的专业人才的匮乏一定程度上也制约了RFID的推广和发展。
三、成本因素制约RFID发展
价格仍然是RFID难以逾越的一道坎。尽管RFID技术有相当多的优势，但当提到RFID的时候，人们首先会想到它高昂的成本。以UHFRFID标签为例，标签成本已经从2007年的1美元降至现在的几美分。业界曾普遍认为每个5美分是一个"井喷临界点"的价格，结果现在5美分的标签已经实现了，这口"油井"的产量虽有提高，但与井喷相去甚远，至今甚至已降至每个标签1美分，但还是达不到预期的发展水平。如果纯粹用低价推广RFID技术，效果则不会理想，尤其是对大众消费品厂商、超市等零售商而言，它们要处理的商品数以百万件，就算每个标签的价格只有1美分，这也是一笔非常可观的成本。
中国RFID的推广程度与发达国家相比仍有很大差别。主要还是因为中国具有很廉价的人工成本，企业不愿使用RFID来代替人工管理。尽管RFID相关成本每年都在以20%左右的速度在下降，但下降的速度还是达不到预期。在中国，消费者对RFID芯片成本的心理价位应该在0.5元以下。中国封装的芯片出口比例较高，国内RFID市场尚未引爆，市场空间还很大。
尽管成本问题依然存在，但不应盲目悲观。专家亦指出，标签价格对于RFID市场固然非常重要，但却并非惟一的关键限制性因素。用户应该将RFID系统的建设和运行成本放在系统收益的背景下来权衡，也就是从投入产出比的角度来判断。随着RFID成本逐年下降，该问题在近几年内应该就会逐渐淡出。