当然，事物的两面性决定了各种生物识别技术在具有优势之外也不可避免有一些劣势。比如指纹是一种很容易被窃取和复制的特征，安全性较低，而且指纹特征的稳定性较差，脱皮、表皮茧子，干湿状态都会影响指纹的应用;由于人脸是三维的，受光线、表情、胖瘦、毛发，运动影响很大，同时由于也是表面特征，容易被伪造复制，用于做身份识别、刑侦时稳定性及安全性较低;虹膜识别在使用时需要通过红外光或可见光照射眼睛取得图像，使用者配合程度低，有较高的心理排斥性，因此不适用于身份证这样的大人群应用。此外，目前市场上出现的美瞳等产品能改变虹膜的特征，比较容易复制等等。
当单一的生物识别缺点凸显时，多重生物识别的优势就会被放大。浙江大华技术股份有限公司产品经理满江月认为，多重生物识别技术采用了多种生物特征，当某一种特征受到影响时，其它特征仍能保证系统正常工作，因而提高了系统的鲁棒性和准确性。上海安威士科技股份有限公司产品战略部经理游锋则认为，多重生物识别技术的高安全性，可有效降低非法入侵者进入系统的风险;其识别准确率高，虽然单项生物识别技术也能达到较高的安全性，但多重生物识别技术能将安全性和可靠性大幅提升；此外，多重生物识别技术解决了系统的整体实用性，基于单项生物识别技术的系统，经常因为某些特殊的使用者，而影响其整体的实用性和安全性。杭州海康威视数字技术股份有限公司顾春梅也告诉我们，多重生物特征解决方案的好处是能延伸到人体多个生物识别部分，进入控制区域从而获取更多的比对数据。这样，就能使生物特征识别系统更安全，入侵者用人造物或模仿品来同时骗过多生物特征基本上是不可能的，而个人在某项特征不便时亦可灵活调换。
然而多重生物识别技术的有效执行，依赖于精密的生物特征采集设备、高性能运算处理器(或运算平台)以及优质识别算法，而这些都需要投入很高的实施、使用及维护成本，一般性企业及单位无法承受，其用户体验也不如单一识别技术。此外，多重生物识别技术的内部算法设计和逻辑设计更加复杂，如果处理不好反而会降低系统性能。