由于各种新型生物识别支付技术所依赖的人体生物特征的唯一性和稳定性，且与传统认证方式相比具有极大的方便性，它们普遍具有广泛的应用前景。但是，当前新型生物识别支付技术的应用还存在几个问题。首先，传感器等硬件模块的尺寸和成本，成为制约部分生物识别技术在移动支付场景下广泛应用的瓶颈之一，部分识别模块如虹膜识别方式所需要的传感器和专用摄像头还无法应用于移动终端设备。其次，在支付场景特别是大额支付的应用场景中，部分识别和认证过程的安全性与稳定性有待进一步提高。同时，部分识别方式由于其读取信息的特殊性，需要进一步提升识别及支付系统的信息安全。例如，指纹在我国被视为一种授权凭证，实际应用中应尽可能在本地存储，而不宜将其应用于远程认证。最后，部分识别方式的用户体验易用性需要进一步突破，虹膜识别和面部识别等生物识别方式由于其信息读取的特殊方式，用户体验相对较差，需要进一步从技术层面加以研究。
移动互联网金融市场对支付安全提出了更高要求，新型生物识别支付技术由于其独特优势，必将朝着广泛商用的方向发展。截至目前，各种新型生物识别支付技术已有相关应用，尤其是指纹识别支付技术已初具规模。与此同时，国内外相关厂商和专家学者对于其他生物识别方式应用于移动支付领域的相关研究也在逐步开展，相应的技术难题将一一化解。可以预见，新型生物识别支付技术将成为移动互联网金融发展的下一个着力点。