其次是RFID技术的安全性问题。嘉德恒安秦德虎就直言，RFID大规模应用产生的信息安全及用户隐私保护的问题，是目前RFID技术需要解决的挑战。由于RFID便捷的读取性，使得其芯片上储存的个人信息很容易被他人获取，甚至在很多非自愿的情况下，隐私信息在不经意间被读取，甚至造成被追踪。对于门禁类产品以及金融类产品，其后果更加严重。随着基于RFID技术打造的手机支付功能兴起，其所面临的安全形势正日益严峻。
对于中国RFID产业而言，相较于欧美等发达国家或地区，我国RFID产业的发展仍较为落后。嘉德恒安秦德虎指出，虽然国内RFID厂商已超过100家，但是缺乏关键核心技术，特别是在超高频RFID方面，由于技术门槛较高且国内发展较晚，技术相对欠缺，从事超高频RFID研发生产的企业不多，具有自主知识产权的创新型企业更是少之又少。
对此，华信金溢朱红光就谈到，任何识别技术都有其自身的优点和不足，比如RFID就存在可视性方面的不足，但在没有比之更适合的技术出现以前，我们在使用这项技术的时候就应当发挥它的长处和优点，尽量规避它的局限性和不足，并将多项识别技术进行组合应用，以取得最佳的应用效果。