相对于这些优点，指纹识别的缺点也很容易发现，例如说指纹的信息容易被盗取和复制，很多我们生活中接触的东西都会留下指纹，不过我们又不是在拍侦探电影，这种级别的潜在危险可能大部分用户觉得相对次要。对于日常生活来说，更多的烦恼来自于现在指纹识别成功率还不能做到百分百，例如如果手指太脏或附着异物的话，就会识别失败。
而对于虹膜扫描，安全性似乎是妥妥稳胜指纹识别的地方，不同于指纹轻易就可以采集和复制，获取更高分辨率的虹膜信息，几乎是不可能完成的任务。另外由于虹膜识别只能检测活体虹膜信息，眼球一旦剥离人体后虹膜会随瞳孔放大而失去活性，因此拿照片、视频等，都无法被识别的，复制成隐形眼镜也同样识别不了。
易用性上，虽然虹膜扫描的应用场景也已经相当大，包括佩戴隐形眼镜和墨镜、甚至无视弱光环境，但仍存在较高的延迟以及成功率降低等问题;另外相对于已经高度成熟的指纹识别，虹膜扫描刚开始应用时，对于解锁距离的调试肯定还需要一段改进的时间，像之前有虹膜识别的Lumia 950/XL却仍然被用户批评解锁不灵敏。另外用户也需要学习上手的时间，现在大部分用户已经习惯了指纹识别，除了解锁，还渗透到了隐私空间、指纹支付等场景，因此即使虹膜扫描后来居上，要取代大家用习惯了的指纹识别也不是容易的事情。