不过随着监管环境逐渐趋严， 单纯依靠手续费为生的支付机构已经陷入了生存危机 。国际金融报引述业界观点称，目前收单行业的成本价费率在千分之四，加上人力、折旧等成本，第三方支付机构要保持千分之五的费率才能不亏损，并且交易额规模越小的支付机构盈利可能性越低，苏宁金融研究院互联网金融中心主任薛洪言认为：
未来支付机构将大规模进入业务转型期，行业并购趋势或愈演愈烈。
而“96费改”后，第三方支付机构生存空间将进一步被压缩，恒丰银行研究院执行院长董希淼认为，
费率降低将加剧第三方支付行业洗牌。对不够规范的支付机构来说，违法套码空间不再;对业务同质化、盈利模式单一的支付机构来说，盈利空间进一步被压缩。
事实上，已有不少机构在尝试进行业务变革，譬如 通 联支付提出了“支付+金融+电商”的发展思路，为优质客户提供定制化综合解决方案，也有一些公司希望 转型成 综合性互联网金融公司，通过协助P2P机构实现资金托管，将客户大量闲置资金存放在自身体系内，之后再连接其他理财、消费场景。
不过值得一提的是，此前银监会新规禁止P2P放贷，网贷行业面临洗牌，本月停业的P2P平台就有57家，一些P2P机构已自身难保，未来第三方支付平台的转型，也许愈加艰难。