停不下来的质疑
但是，这一被称为“突破了冯诺依曼结构”、“被国际同行形容为先于云计算、包含云计算”的研究成果在获奖消息传开后，却遭遇到了多种质疑。
质疑之一为，透明计算并不具有独创性和创新性。有人认为，透明计算其实质与云计算虚拟化概念类似，还有观点认为，透明计算与微软、Vmware和Citrix等公司深耕多年的桌面虚拟化技术和瘦客户机+虚拟机池的架构，在具体功能上没有太大的差异，其中 NSAP协议和PXE协议的功能基本接近。
张尧学团队发表的相关论文也被网友认为“不够分量”、“得不到国际一流专家的认可”。
有网友对透明计算评奖公示材料中提到的八篇论文信息进行了分析。据该网友介绍，第一篇《Transparent Computing: A New Paradigm for Pervasive Computing》发表于LNCS上，LNCS属于不定期出版的计算机科学系列书集，可以是专着也可以是论文集，收录此篇论文的当期LNCS就是在武汉召开的第三届Ubiquitous Intelligence and Computing会议的论文集。第二篇也是会议论文，张尧学是该会议的顾问委员会成员。第三篇发表于1988年，是张尧学的博士毕业论文，讨论协议生成，与透明计算的关联很小。
总体来看，这八篇论文都没有发表在主要的学术杂志上。也由此，网友认为透明计算的国际学术认可度存疑。
同时，透明计算得到产业界，尤其是国际IT巨头认可的说法也遭到了质疑。
相关介绍提到，英特尔公司从2007年起成立针对透明计算的专门研究队伍开展持续研究，并大力推广相关应用。惠普、IBM等计算机领域的跨国集团也已开始关注和研究透明计算。其中，时任英特尔高级副总裁兼软件与服务事业部总经理詹睿妮（Renée James）曾在2012年的英特尔信息技术峰会上提到，“未来的计算，必将是‘透明计算’的时代。”
但有网友认为，英特尔提出的透明计算是指透明计算平台，包括HTML5以及Cloud Services & Security，与张尧学所主导研究的透明计算并不对等。
就此，腾讯科技向英特尔公司求证，英特尔相关人士表示，詹睿妮在2012年技术信息峰会演讲中提到，透明计算概念从九十年代末就已提出，美国麻省理工学院有人在做，清华大学张教授也在做类似工作，“英特尔也和张教授在合作，所以应该说是一回事。”
沉默的透明计算
而面对意料之外、汹涌而来的质疑，相关人士依然选择保持沉默。
腾讯科技曾联系中南大学，希望能够得到该校校长张尧学对此事的回应。相关人士表示，“已经接待很多媒体了”，并且张尧学已在中南大学官方微博做出回应。但腾讯科技在查看微博后发现，该回应内容为解释奖项所属单位为清华大学，并非针对网络对透明计算本身的质疑。
腾讯科技还曾试图联系清华大学计算机系一位陈姓教授，该教授曾参与过透明计算的研究工作，希望他可以从专业角度解答公众质疑，但他表示现在事情正处于舆论焦点，不方便发表评论，“科技的东西，因为公众很难理解，怎么说都会有问题”。
包括IBM在内的多个产学研机构均拒绝回应相关问题，截止目前，透明计算研究团队仍旧未对相关质疑做出回应，也由此，围绕透明计算的相关问题，依然没有得到解答。
（腾讯科技梁辰对此文亦有贡献）