根据PPP改革性质和部委职责分工情况，新设跨部委的PPP管理机构固然是最理想的，但不符合我国机构编制改革的方向。退而求其次，可以选择在调整优化现有某个部委的职能时将PPP管理机构设置其中。前述分析指出，可以从财政部门和发改委部门择一而定。
PPP管理中心的设置有两个维度方面的考虑。一是牵头部委与其他政府部门(如发改、国资及行业部委，即所谓“条”之间)的分工关系和设置宽度。二是上下各级政府之间的PPP管理中心的分工关系和设置深度。笔者建议，除了在牵头部委设立的国家PPP管理中心发挥枢纽、统筹作用外，可在与PPP相关的行业部委局设立PPP协调小组，承担相应的项目初筛推荐，行业公共部门绩效基准指标(PSC)的统计分析发布，以及PPP项目实施主体的职能。笔者建议，地方政府的PPP管理中心应要求设置到省级(含直辖市、计划单列市)，地级市政府允许设协调小组，原则上县级政府层面不设。这其中主要原因是越往基层政府不仅PPP项目数量越少，而且其PPP项目规模过小，导致交易成本占比高就很难实现VFM。此外越往基层政府，政府部门理解和操作PPP的专业能力越难得到保证。
PPP管理中心的职能设计是另外一个重要议题。根据世界银行的一项专门研究(注2)，PPP管理中心的职能主要有四方面：一是PPP的流程管理;二是促进政府内部对PPP的认知;三是协助政府机构实施PPP项目;四是作为民营部门和金融机构的信息渠道。总体上看，政策研究、标准制订、项目筛选、专家支持、项目评估、融资支持、统计分析等是PPP管理中心的常见职能。
笔者认为，我国中央级政府PPP管理中心的职能设置应该是最全面的，即政策研究、标准制订、项目筛选、专家支持、项目评估、融资支持、统计分析等。行业部委及省市级地方政府的“条”、“块”PPP管理中心则应侧重项目筛选评估、专家支持、统计分析、融资支持等职能。
2.法律法规
2.1 PPP专门法
相较普通法国家的法制传统，大陆法国家更需要PPP成文法，来赋予政府签定PPP合同的权力，故PPP立法对中国的重要性和必要性毫无疑义，本文不再赘述。简言之，PPP专门立法将赋予政府与民营部门签定特殊合同的权力，并着力于协调和解决PPP运作与现行法律之间的冲突，为民营部门进入和参与基础设施和公共服务提供建立有激励效果的法律基础和制度预期。
按照英联邦秘书处的研究(注3)，专门的PPP法律通常包含以下几方面内容：政府实施主体和管理机构及其权利义务、PPP项目生命期流程、与其他法律的协调和例外处理、争议解决机制等。
笔者建议此法名称上应能够反映国际潮流和共识，譬如“基础设施和公共服务公私合作法”、“社会资本参与基础设施和公共服务促进法”。但是，笔者不主张将此法定名为目前有关部委取名的“特许经营法”，因为直译的特许经营(concession)只是PPP模式的其中一种，这已有业内公论。
2.2 与其它法律的关系
由于PPP自身是一套突破传统政府公共品提供机制的制度创新，因此必然牵涉PPP制度和其它部门法之间的冲突、创新和衔接问题。笔者初步筛选出以下几项部门法，需要PPP专门法与之衔接：预算法、政府采购法、招标投标法、土地管理法、城乡规划法、国有资产管理法、担保法、价格法、公路法、铁路法、电力法和环境保护法等。对上述法律冲突的调整和衔接问题的详细分析，超出了本文讨论的范围，未来将另文阐述。
一般而言，PPP在项目所处行业中遇到两种可能的行业监管情形。一种是行业已有比较完善的关于市场准入、价格和服务标准等监管规则，这种情形被称作“依法律监管”(regulated by law)。此时，PPP项目合同及PPP专门法律对行业监管规则的改动余地和必要性都不大。另一种是行业缺乏监管规则，或者原有的市场准入、价格和服务标准等监管规则主要适用于以前的国有企业，PPP在这些行业的顺利实施，需要签定详细的项目合同来约定价格和服务标准等事项，这种情形被称作“依合同监管”(regulated by contract)。当然，也有国家和行业是两种监管情形的需要都同时并存，即所谓“混合式监管”，可以称作第三种。中国未来PPP项目面对的行业监管法律环境，更像第三种。但是，可以肯定的是，当PPP专门立法颁布施行及其他行业部门监管法律衔接修订后， PPP项目合同条款将有可能变得更加精要而不是冗长。