版署PK文化部：各自解读编办解释
9月19日在已获文化部审批但尚未通过版署前置审批的情况下，网易发布公告宣布即日起《魔兽世界》重新正式运营。这一行为将版署与文化部的争议引向高潮。
原本部门间的争议或能通过上级部门协调等方式淡化解决，但网易的公告使版署不得不明确态度：即如果默许《魔兽世界》运营，等于认可了版署的前置审批对于文化部毫无影响，这是版署不可能接受的。
10月9日版署发布《关于贯彻落实国务院〈“三定”规定〉和中央编办有关解释，进一步加强网络游戏前置审批和进口网络游戏审批管理的通知》，该通知强调“新闻出版总署是中央和国务院授权的唯一负责网络游戏前置审批的政府部门”，并提出如果违反，“新闻出版管理部门将依法予以取缔，同时通知电信管理部门取消其相应增值电信业务经营许可证，通知工商行政管理部门依法变更登记或注销登记”，“任何部门不再重复审查，文化、电信等管理部门应严格按新闻出版总署前置审批的内容管理”。
版署表明态度：《魔兽世界》未经版署前置审批，文化部的批准是无效的。
10月20日文化部文化市场司副司长庹祖海在2009游戏开发者大会上公开表态，“某些部门必须停止对网游企业的粗暴干涉”，“网游行业的监管工作将逐渐明朗化，文化部也将加快对网游监管的接收工作”。表明文化部不认可版署的前置审批，强调文化部主管部门的地位。
11月2日晚版署发布通知终止《魔兽世界》审批。
该通知称由于网易“未经新闻出版总署审批同意”就进行“事实上的公开运营服务”，决定退回其代理运营《魔兽世界》(燃烧的远征)的申请，要求其“立即停止违规行为，纠正错误，停止收费和新账号注册”，“将视情依法对其作出相应的行政处罚，包括停止其互联网接入服务”。
当晚网易发出公告称“为了保证服务器的稳定运行”，将于11月3日凌晨3时开始对服务器进行例行维护，预计11月3日11时前恢复正常运营。
无从知晓11月2日晚至次日上午有关部门和网易作出了哪些努力，11月3日11时《魔兽世界》确实奇迹般地如期恢复运营。
但当日下午，文化部文化市场司司长李雄在文化部举行查处第七批违法游戏产品及经营活动新闻通气会上公开表示，文化部是网络游戏的主管部门，《魔兽世界》运营权发生转移后，文化部已经通过了网易的审批;版署对《魔兽世界》终止审批的通知，不符合三定方案的规定“明显属于越权行为”。
此后，《魔兽世界》更换运营主体的审批未再出现反复，而版署与文化部的争议也未再见任何公开消息，一切恢复平静，仿佛什么都没有发生过。
后三定方案时代：网络游戏管理仍未厘清
文化部有权管理网络游戏。
2009年11月13日文化部发布《关于改进和加强网络游戏内容管理工作的通知》，再次重申其对于网络游戏的主管权。
2010年6月3日文化部颁布《网络游戏管理暂行办法》——我国第一部网络游戏管理的部门规章。
暂行办法规定“国务院文化行政部门是网络游戏的主管部门”，“国务院文化行政部门负责网络游戏内容审查……经有关部门前置审批的网络游戏出版物，国务院文化行政部门不再进行重复审查，允许其上网运营”，“国务院文化行政部门依法对进口网络游戏进行内容审查。
进口网络游戏应当在获得国务院文化行政部门内容审查批准后，方可上网运营”，“网络游戏的网上出版前置审批和出版境外著作权人授权的互联网游戏作品的审批，按照《中央编办对文化部、广电总局、新闻出版总署〈‘三定’规定〉中有关动漫、网络游戏和文化市场综合执法的部分条文的解释》(中央编办发〔2009〕35号)的规定，由有关部门依据相关法律法规管理”。
根据文化部暂行办法，文化部是网络游戏的主管部门，负责内容审查，但也明确了“经有关部门前置审批的网络游戏出版物，国务院文化行政部门不再进行重复审查”，肯定了版署的前置审批权及中央编办解释的权威性。——版署和新广电总局，继续在权限范围内管理网络游戏。