然而，部分业内专家认为苹果公司的此番说法着实有些言过其实。他们认为，出于商业机密的考虑，以苹果和谷歌为代表的科技公司通常不会向公众吐露关于指纹支付的技术细节。以谷歌公司为例，由于该公司对旗下软件的安全问题避而不谈，导致全球数十家Android手机制造商不得以降低手机安全等级的方式迎合谷歌产品的设计标准。
除了安全问题外，指纹支付也存在诸多弊端。有专家提出，手指受伤导致指纹破损、空气过湿等情况，可能会影响到指纹支付的识别。而一些人从事的职业使得双手长期浸泡在水或化学物品中，如洗衣工、厨师、化工厂员工等，也可能偶然出现指纹无法识别的状况。另外，指纹支付还存在如下问题，例如：部分人群的指纹特征点少，难以成像;老年人指纹变的干涩难用，以致难以采集等。甚至很多手机暂时没有相关配置，而市面上的部分智能手机采用虚拟"Home"键的设置，用户也无法输入指纹。
指纹支付难定位
克拉克森大学的技术研究中心主任Stephanie Schuckers表示，如今大多数手机制造商已经意识到了指纹支付的安全隐患，并正在通过加紧研发反欺诈技术来完善安全系统。其中，美国手机芯片制造商高通公司已经发布了新型指纹传感系统，通过利用超声波技术来检测手指深层皮肤图案，验证指纹的真实性。
指纹支付专家Boehnen博士则认为，安全问题是指纹支付这种新型技术与生俱来的弊端，很难从根本上得到解决。他表示，新的指纹传感系统能够从某种意义上缓解当前的困境，同时，以虹膜扫描为代表的新型生物识别技术也能够有效控制欺诈行为的发生，这些应用都将成为移动支付的一种补充，也是一种创新和突破，但是要成为主流普及到广大用户中还需要很长时间，其自身的缺陷也决定了它们难以成为主流的方向。