我国信息化在世界排名下降的原因之一，就是信息化管理比较混乱，国家对信息化的领导力十分薄弱，巨额的信息化资金投入缺乏有效的管理。如果不能从根本上改变目前的状况，我国信息化不进则退的问题还将继续。一些信息化发展先进国家的成功经验有两点值得我们关注：一是确立了信息化发展的国家战略，二是建立了适应发展又相对稳定的信息化管理体制，强化信息化的领导力。从我国的实际状况看，当前我国信息化管理体制机制中主要存在四个突出问题：
一是管理机构缺乏权威，难以统揽全局。国家层面缺乏具有权威性、强有力的管理机构，是当前信息化管理体制存在的根本问题。目前我国信息化管理体制是由工信部进行统筹规划，其它各相关部门相互配合衔接。但是，工信部作为国务院的行业主管部门，在统筹管理信息化、特别是电子政务方面缺乏足够的权威，难以统筹经济社会、国计民生各领域的政务发展需求，难以统揽党委、人大、政府、政协、高检、高法等单位和部门的电子政务建设工作，难以与发改、科技、公安、财政、保密、密码等相关职能部门就具体政策的制定进行协调，更难以统筹地方信息化发展。可以说，我国信息化发展实际上已经形成了顶层管理职能缺位的局面，信息化发展中一些全局性、战略性问题始终无法取得突破。
与中央层面相比，地方层面的管理问题也很突出。一般省级信息化也有十多个不同类型的部门在分头管理，甚至分布在党委、人大等部门，出现了上情难以下达，横向难以有效协调的局面，地方反映强烈。
二是协调机制不力，统筹推进困难。由于信息化涉及全局，渗透、融合到各个领域，因此，加强协调就显得尤为重要。目前，我国信息化工作中跨部门、跨地区以及中央和地方间的协调，主要依靠国家信息化领导小组开会以及相关单位间采取“就事论事”的办法进行。这种协调方式会造成两大问题：一是国家信息化领导小组集中开会次数有限(除信息安全小组外)，只能就重大问题进行商议决策，闭会期间没有明确的协调制度，特别是自2008年至今国家信息化领导小组一直没有开过会，信息化建设中需要高层协调解决的重大问题无法有效推进；二是重大事项部门间缺乏政策配合流程，特别是在投资审批方面缺乏规范的管理机制，依靠各相关职能部门间主办机构和公务人员一事一议的协调模式，协调成本高，随意性强，不能从根本上解决信息化建设的协同推进问题。
三是部门各自为政，重复建设严重。在信息化各领域中，电子政务管理面临的问题尤为严重。我国电子政务管理涉及的部门多、政府直接投入大，客观上对电子政务相对集中管理提出了更高的要求。但是，由于我国电子政务建设的规划、预算、审批、评估等各个环节分别由不同部门管理，特别是项目建设存在多头立项、多头审批的问题，尚未形成一个完整的机制，没有一个牵头部门对电子政务建设进行全方位的统筹，这就很容易造成重复投入、浪费投入。以网络建设为例，据有关部门调查，我国目前的网络设备的利用率只有5-10%，与发达国家有较大差距。另外，我国政府部门的专网建设过多，也造成了网络资源的浪费，形成一系列“孤岛”和“烟囱”。因此，尽快建立一个强有力的统筹协调机制，加强对电子政务建设的统筹，遏制电子政务建设中的各自为政、重复浪费现象，显得尤为紧迫。
四是条块矛盾突出，综合效能低下。随着我国信息化深入推进，中央部门与地方协调发展的矛盾也日益突出。尤其在电子政务领域，目前中央各部门自上而下的“条”与地方的“块”之间缺乏有效的结合机制，形成电子政务建设纵强横弱、条块分割的局面。从条条看，不仅是中央垂直管理部门，而且越来越多的非垂直管理部门也开始把系统和网络直接延伸到基层甚至社区，形成了电子政务“上面千条线、下面万根针”的局面，使潜在的“信息孤岛”风险进一步加剧，安全风险进一步加大。从块块看，各部门网络和系统自成体系，地方电子政务建设统筹困难，统一应用和管理难以实现，财力也不堪重负。如果不尽快建立有效的条块结合机制，电子政务实现集约发展的难度将越来越大，电子政务综合效能难以充分发挥。