当前，在食品安全监管体制机制、法律法规、政策标准、监测评估、检验检测、人才队伍、技术装备等方面，还存在一些亟待解决的问题；食品行业产业化、规模化、集约化程度不高，基础薄弱，产地环境污染问题较为严重；企业主体责任落实不够，质量安全控制投入不足，管理能力不强，行业诚信道德体系建设滞后；危害食品安全的违法犯罪行为屡禁不止，食品安全风险隐患依然较多，食品安全事故时有发生，食品安全监管面临的形势依然复杂严峻。
1.监管体制机制尚不健全。我国的食品管理体系主要是围绕保障食品供给建立起来的，食品安全监管能力明显滞后。食品安全监管体制以分段监管为主、品种监管为辅，监管环节较多，在实践中还存在监管职能不清、责任不明等问题。综合协调机制仍待完善，一些地方还没有建立综合协调机制、明确办事机构；各监管环节衔接不够紧密，监管力量分散，缺乏信息、资源共享机制，监管效率较低。一些地方政府监管责任制及责任追究制不完善，监管责任落实不到位。
2.监管能力较为薄弱。各级食品安全监管部门尤其是基层单位，存在人员不足、装备滞后、一线执法快速检测能力较低等问题。食品安全检验检测能力不能满足食品安全监管需要，特别是中西部地区和基层还存在大面积空白，专业技术人员不足，仪器设备配置和实验室环境条件不能适应检测需要，一些检验机构仪器设备利用率不高，信息难以共享，高端检测仪器设备大量依赖进口，难以为保障食品安全提供全方位的技术支撑。此外，食品安全事件应急处置中信息报送、发布不畅，部门间、区域间协调联动不够，应急队伍装备落后，快速反应能力有待进一步提高。
3.法规和标准体系有待完善。食品安全法配套法规规章还不健全，相关法律法规之间衔接不畅，对食品安全违法犯罪行为的惩处力度仍需加大。地方性法规制定滞后，大部分地区尚未制定针对食品生产加工小作坊、食品摊贩的管理办法。统一的食品安全标准体系尚未完全形成，部分食品卫生标准、质量标准、食用农产品质量安全标准以及行业标准存在缺失、滞后、重复以及相互矛盾的问题，食品安全标准整合及制修订任务繁重，相关投入尚不能满足实际工作需要。
4.风险监测评估和科技支撑能力仍需提高。我国食品安全风险监测、评估工作起步较晚，风险监测体系有待进一步完善，监测网点数量、监测范围、监测技术机构数量和能力等与实际需要仍有较大差距。食品安全风险评估能力仍然薄弱，专业技术人员缺乏，系统性风险防范能力有待加强。对食品安全规律的系统性研究不够深入，食品安全管理理论与方法、检验检测技术与设备、过程控制技术等领域的研究相对不足，科研成果应用前安全性评估不够，基础数据缺乏，食品安全隐患识别能力不强。
5.食品安全宣传教育亟待加强。一些食品生产经营单位及其从业人员法制观念不强，责任意识淡薄，主体责任不落实，甚至不讲诚信、见利忘义、违法犯罪，针对食品生产经营单位及其从业人员的食品安全宣传教育仍需加强。食品安全培训体系尚不健全，培训机构和师资较少，培训内容缺乏针对性，对各级监管执法人员的专业培训普遍不足。公众食品安全意识和食品安全基础知识水平仍需提高，食品安全科普宣传力度亟待加大。