到“十二五”期末，基本建立起适合我国国情，预防为主、全程覆盖、责任明晰、协同高效、保障有力的食品安全监管体系，米、面、油、蔬菜、肉、乳品、蛋、水产品等重点食品质量安全状况持续稳定良好，食品安全水平显著提升，城乡居民饮食安全得到切实保障。具体目标如下：
1.县级以上地方政府均建立健全食品安全综合协调机制，并明确办事机构。省、市、县三级食品安全监管队伍全面完成装备配备的标准化建设，监管执法水平明显提高。食品安全事故防范处置能力进一步增强，重大食品安全事故得到有效防范和处置。
2.食品安全标准体系进一步完善。基本完成现行食用农产品质量安全标准、食品卫生标准、食品质量标准和有关食品行业标准中强制执行标准的清理整合工作。
3.风险管控水平明显提高，基本建立起以风险评估为基础的防御体系。食品污染物和有害因素监测覆盖全部县级行政区域，监测点由344个扩大到2870个；监测样本量从12.4万个/年扩大到287万个/年。食源性疾病监测网络哨点医院由312个扩大到3120个，流行病学调查、资料汇总单位由274个扩大到3236个。在优势农产品主产区建立食用农产品质量安全风险监测点，蔬菜、水果、茶叶、生鲜乳、蛋、水产品和饲料国家级例行监测和监督抽检数量达到每万吨3个样品，出栏畜禽产品达到每万头（只）3个样品，监测抽检范围扩大到全国所有大中城市和重点产区。
4.国家级风险评估机构建设成为人才结构合理、技术储备充分、具有较强科学公信力和国际影响力的食品安全权威技术支持机构，能够全面承担食品安全风险监测、评估、预警和交流等方面的技术保障工作。
5.食品安全检验能力显著提高，满足监管工作需要，以国家级检验机构为龙头，省级检验机构为骨干，市、县级检验机构为基础，布局合理、全面覆盖、协调统一、运转高效的食品安全检验检测体系进一步完善。检验仪器设备自主化水平明显提升，基层检验机构和食品生产企业检验仪器设备自主化比重显著提高，部分自主化高端产品进入省级、国家级检验机构。
6.“三品一标”（指无公害农产品、绿色食品、有机农产品、农产品地理标志，下同）产品产地认定面积占食用农产品产地总面积的比例从30%提高到60%。
7.向我国出口食品的境外食品生产企业均经国家出入境检验检疫部门注册；向我国出口食品的境外出口商和代理商均经国家出入境检验检疫部门备案。