尽管经济运行出现了上述诸多积极变化，但仍面临不少问题和挑战，主要表现在以下几个方面：一是经济回升基础仍不稳固。尽管当前内需增势基本平稳，但世界经济复苏基础依然脆弱，外需总体仍处在较低增长水平，总需求水平能否持续扩张还存在一定不确定性。同时，7月份以来工业生产等主要指标明显反弹也与去年同期基数较低有一定关系，并且经济增速的回升也未引发企业库存出现明显积极调整，工业企业库存总体仍处在较低水平。10月底，规模以上工业企业产成品库存同比增长6.2%，比上年同期回落2.1个百分点，比9月底仅回升0.2个百分点。11月份，制造业采购经理指数中的产成品库存指数和原材料库存指数仍位于50%的临界点之下。目前，企业未显现出回补库存的明显迹象，工业扩张动力总体仍显不足。
二是产能过剩矛盾突出。当前，我国产能过剩已呈现出行业面广、过剩程度高、持续时间长等特点，是影响工业经济持续健康发展的突出矛盾。去年以来，国家统计局统计的6万余户大中型企业产能综合利用率基本低于80%，产能过剩从钢铁、有色金属、建材、化工、造船等传统行业向风电、光伏、碳纤维等新兴产业扩展，部分行业产能利用率不到75%，但一些过剩行业投资增长仍然较快，新的中低端产能继续积累，进一步加剧了产能过剩矛盾。国务院发展研究中心近期对3545家企业的调查显示，67.7%的企业认为，要消化目前的过剩产能，需要“3年以上”的时间，其中认为需要“5年及以上”的企业占到22.7%。化解产能过剩的任务依然十分艰巨。
三是企业特别是小微企业生产经营困难依然突出。与往年相比，当前工业企业盈利水平依然偏低，前10个月企业亏损面为14.7%，同比提高0.3个百分点，企业生产经营总体仍较困难。在工业品出厂价格连续21个月下降的情况下，企业生产经营成本上升较快，1-10月份，规模以上工业企业每百元主营业务收入中平均成本要占到85.81元，同比上涨0.44元，相应增加的企业成本相当于同期新增利润总额的2/3。10月底，规模以上工业企业应收账款同比增长12.5%，高于主营业务收入1.4个百分点，在41个工业行业中有26个行业应收账款增幅高于主营业务收入增幅，企业资金压力依然较大。量大面广的小微企业经营困难问题更加突出。11月份，小型企业制造业采购经理指数为48.3%，已连续4个月回落，并且连续20个月运行在50%的临界值之下。
四是工业推进提质增效升级的任务紧迫而艰巨。在持续发生大范围雾霾天气的严峻形势下，倒逼产业结构加快调整压力增大。1-11月份，单位工业增加值能耗降低4.8%，离完成全年降低5%的目标还有一定差距，“两高一资”行业产能出现加快释放又会明显加大节能减排压力。随着工业潜在增长率下降，多年积累的深层次矛盾更加凸显，工业调结构、转方式任务更加迫切。近年来，工业要素投入的边际效应不断减弱，我国工业已进入必须依靠创新驱动、深化改革、提高全要素生产率才能实现持续健康发展的关键阶段。2009年以来，我国大中型工业企业的研发投入强度不断回落，新产品销售收入占主营业务收入的比重持续下降，制造业增量资本产出率急剧上升，全要素生产率对经济增长的贡献率明显降低，集中反映了我国研发创新投入不足、资源配置效率低下和经济增长质量下降等突出问题，必须加快推进结构调整、大力提高质量效益。
我国经济正处于增长速度换挡期、结构调整阵痛期叠加的发展阶段，短期问题和中长期问题相互交织，体制性矛盾和结构性问题并存，加上世界经济仍处在深度调整过程中，使我国经济发展环境更趋复杂。随着国内外经济环境发生深刻变化以及我国工业化进程的深入推进，我国工业已由过去的高速增长期进入到了以结构调整为主的中高速增长新阶段，预计今年规模以上工业增加值较去年增长9.7%左右。